Chức vụ chủ chốt

Ban lãnh đạo chủ chốt của nước Cộng hòa Ezo, hàng phía sau từ trái sang gồm Kosuga Tatsunosuke, Enomoto Tsushima, Hayashi Tadasusanburō, Matsuoka Bankichi, hàng phía trước từ trái sang gồm Arai Ikunosuke và Enomoto Takeaki (ảnh chụp năm 1869).

Thông qua cuộc bầu cử đầu tiên của nước Cộng hòa Ezo, đã bầu chọn các chức vụ lãnh đạo trọng yếu như sau:[17]

• Tổng thống – Enomoto Takeaki
• Phó Tổng thống – Matsudaira Tarō
• Tổng Tư lệnh Hải quân – Arai Ikunosuke
• Tổng Tư lệnh Lục quân – Ōtori Keisuke
• Cố vấn Tư lệnh Lục quân – Jules Brunet
• Tổng trưởng quân luật – Takenaka Shigekata, Imai Nobuo
• Phó Tư lệnh Lục quân – HijikataToshizō
• Trưởng quan hành chính địa phương Hakodate – Nagai Naoyuki
• Trưởng quan hành chính địa phương Matsumae – Hitomi Katsutarō
• Trưởng quan hành chính địa phương Esashi – Matsuoka Shirōjirō, Kosugi Masanoshin
• Trưởng quan Khai phá – Sawatarō Zaemon
• Trưởng quan Tài chính – Enomoto Michiaki, Kawamura Rokushirō
• Chỉ huy trưởng Hải quân – Matsuoka Bankichi
• Phó chỉ huy Hải quân – Kōga Gengo, Nezu Seikichi, Ogasawara Kenzō, Furukawa Setsuzō, Asaba Kojirō
• Chỉ huy trưởng bộ binh – Honda Koshichirō, Furuya Sakuzaemon
• Phó chỉ huy bộ binh – Takigawa Mitsutarō, Iba Hachirō, Okawa Shojirō, Matsuoka Shirōjirō, Kasuga Saemon, Hoshi Juntarō, Amano Shintarō, Nagai Gyoshinsai
• Phó chỉ huy pháo binh – Sekihirō Uemon, Nakajima Saburōsuke
• Phó chỉ huy công binh – Yoshizawa Yushirō, Kosuga Tatsunosuke
• Phó chỉ huy khí giới – Miyashige Ichinosuke, Shibusawa Seiichirō

Tổ chức quân sự

Quân đội cựu Mạc phủ chia thành Lục quân và Hải quân, đa phần đều được tổ chức theo kiểu Pháp và thành phần biên chế như sau:

• Lục quân (Tổng Tư lệnh Lục quân: Ōtori Keisuke, Phó Tư lệnh Lục quân: Hijikata Toshizō)
  • Trung đoàn 1: gồm tiểu đoàn 1 (tiểu đoàn trưởng - Takigawa Mitsutarō, 4 đại đội, đội sĩ quan Denshū,Koshōgitai, Kamikitai), tiểu đoàn 2 (tiểu đoàn trưởng - Iba Hachirō, 7 đại đội, Yūgekitai, Shinsengumi, Shōgitai)
  • Trung đoàn 2 (trung đoàn trưởng - Honda Koshichirō): gồm tiểu đoàn 1 (tiểu đoàn trưởng - Okawa Shojirō, 4 đại đội, đội bộ binh Denshūtai), tiểu đoàn 2 (tiểu đoàn trưởng - Matsuoka Shirōjirō, 5 đại, Ichirentai)
  • Trung đoàn 3: gồm tiểu đoàn 1 (tiểu đoàn trưởng - Kasuga Saemon, 4 trung đội, Kasugatai), tiểu đoàn 2 (tiểu đoàn trưởng - Hoshi Juntarō, 4 đại đội, Gakuheitai)
  • Trung đoàn 4 (trung đoàn trưởng - Furuya Sakuzaemon): gồm tiểu đoàn 1 (tiểu đoàn trưởng - Nagai Gyoshinsai, 5 đại đội,Shōhōtai), tiểu đoàn 2 (tiểu đoàn trưởng - Amano Shintarō, 5 đại đội, Shōhōtai)
  • Đội pháo binh: đội trưởng – Sekihirō Uemon
  • Đội công binh: đội trưởng – Yoshizawa Yushirō, Kosuga Tatsunosuke
  • Đội khí giới: đội trưởng – Miyashige Ichinosuke
  • Đội quân y: đội trưởng – Takamatsu Ryōun
• Đội nhóm sáp nhập gồm:
  • Shinsengumi (新選組, Tân Tuyển Tổ)
  • Denshūtai (伝習隊, Truyền Tập Đội)
  • Yūgekitai (遊撃隊, Du Kích Đội)
  • Shōgitai (彰義隊, Chương Nghĩa Đội)
  • Koshōgitai (小彰義隊, Tiểu Chương Nghĩa Đội)
  • Kamikitai (神木隊, Thần Mộc Đội)
  • Ichirentai (一聯隊, Nhất Liên Đội)
  • Kasugatai (春日隊, Xuân Nhật Đội)
  • Gakuheitai (額兵隊, Ngạch Binh Đội)
  • Shōhōtai (衝鋒隊, Xung Phong Đội)
• Hải quân (Tư lệnh hải quân: Arai Ikunosuke)
  • Kaiyōmaru (hạm trưởng:Sawatarō Zaemon, bị chìm ngoài khơi Esashi tháng 11 năm 1868)
  • Kaitenmaru (hạm trưởng:Kōga Gengo, sau là Nezu Seikichi, bị bắn cháy tại cảng Hakodate tháng 5 năm 1869)
  • Takaomaru (hạm trưởng: Ogasawara Kenzō, bị bắn cháy tại cảng Kunohe tháng 3 năm 1869)
  • Banryūmaru (hạm trưởng: Matsuoka Bankichi, bị bắn cháy tại cảng Hakodate tháng 5 năm 1869)
  • Chiyodagatamaru (hạm trưởng: Morimoto Kosaku, bị bắn cháy tại cảng Hakodate tháng 4 năm 1869)
  • Shinsokumaru (hạm trưởng: Nishikawa Shinzo, bị bắn cháy tại cảng Hakodate tháng 11 năm 1868)
  • Thuyền vận tải: Taiemaru, Chōgeimaru, Hōōmaru, Nagasakimaru, Mikahōmaru và Kaishunmaru.